Die CTU (Antiterroreinheit) wird darauf Aufmerksam, das einige Terroristen einen Anschlag auf den Präsidenten planen. Jack Bauer ermittelt und wird auch privat hineingezogen, da seine Tochter und seine Frau entführt werden.

Nachdem Jack ein Attentat verhindern kann, und seine Frau und Tochter rettet, bemerkt er, dass mehr dahinter steckt und auch er in Gefahr ist. Denn ein Ex-Terrorist von dem er glaubt das er tot ist befindet sich in Regierungsgewahrsam und dessen Familie will ihn retten.

Nach der Flucht dieses Terroristen, will dieser sich an Jack und dem Präsidenten rächen und verübt neuerliche Anschläge und entführt abermals Jack's Tochter.

In einem großartigen Finale, kann Jack jedoch seine Tochter befreien undPräsident Palmer beschützen, jedoch wird seine Frau von Nina Mayers, einem Maulwurf innerhalb der CTU, getötet.

Terroristen planen einen nuklearen Anschlag auf Los Angeles. Jack Bauer welcher nach dem Tod seiner Frau den Dienst quitiert hat kommt wieder zurück zur CTU, um die Sache zu bearbeiten.

Er erfährt während den ermittlungen, dass die Terroristen auch die CTU-Zentrale in die Luft sprengen wollen. Jack kann dies nicht verhindern und die Zentrale wird zerstört und viele Mitarbeiter getötet. Jack ermittel aber weiter Undercover und findet die Atombombe auf einem Flughafen nahe Los Angeles. Die Zeit zum entschärfen reicht nicht aus weshalb ein Agent sein Leben opfert und die Bombe in die Wüste fliegt, wo sie detoniert.

Durch die explosion kommt es zu einer Massenpanik in Amerika und der Präsident schickt die Nationalgarde zu Hilfe. Jack versucht weiter die Drahtzeiher des Terrornetzwerkes zu finden, da einige glauben Länder des nahen Osten stecken dahinter, wird währenddessen ein Gegenschlag vorbereitet.

Im Endeffekt kann Jack alle wichtigen Beweise beschaffen und einen Krieg verhindern!

Zwischen Season 2 und 3 ist Jack undercover und verhaftet einen Drogenbaron, wird aber selbst abhängig. Genau dieser soll angeblich Informationen über einen tödlichen Virus haben, der von Terroristen angeblich freigesetzt werden soll.

Um sein Vertrauen zu gewinnen bricht Jack mit Salazar aus dem Gefängnis aus und reist mit ihm nach Mexico zurück, wo er den Drogenbaron Salazar davon überzeugen kann beim Kauf des Virus mitzubieten. Bei der Auktion taucht aber plötzlich auch Nina Mayers auf die Jacks Frau getötet hat und die Sache wird kompliziert.

Jack kann zwar Nina gefangennehmen, aber der Verkäufer des Virus kann fliehen, da dieser nie Vorhatte das Virus zu verkaufen. Jack bringt Nina zurück in die CTU-Zentrale wo sie verhöhrt wird, um den Plan der Terroristen herauszufinden. Auf der Flucht wird sie von Jack Bauer absichtlich erschossen, was zwischen Staffel 3 und 4 zu seiner Kündigung bei der CTU führt.

Die Terroristen infizieren in der Zwischenzeit ein Hotel mit dem Virus und die CTU muss die Ausbreitung verhindern. Jack hat jedoch schon die Spur der Drahtzieher aufgenommen und findet heraus, welche Personen einen Teil des Virus haben und die CTU kann sie festnehmen.

Jack Bauer arbeitet inzwischen für das Verteidigungsministerium und den Verteidigungsminster Heller, mit dessen Tochter er zusammen ist. Während eines Aufenthaltes von Heller in Los Angeles werden er und seine Tochter gekidnapped. Die Terroristen drohen mit der Tötung und einer Liveübertragung übers Internet.

Jack kann dies verhindern und seine Freundin und seinen Chef retten, jeoch bemerkt er, dass das alles nur Tarnung war, um alle Atomreaktoren der USA unter die Kontrolle der Terroristen zu bringen. Aber ohne ein bestimmtes Gerät kann die CTU die Reaktoren nicht abschalten und die Kernschmelze verhindern. Dieses Gerät haben aber die Terroristen.

In wirklichkeit ist dies aber auch nur Tarnung und die Terroristen schießen die Maschine des Präsidenten, die Air Force One ab und stehlen die Rakten und Nuklearcodes. Der Präsident wird schwer verletzt und vom Vitzepräsident abgelöst.

Die Terroristen haben nun eine Einsatzfähige Nuklearrakete mit der sie auf eine Großstadt von Amerika schießen wollen. Um dies zu verhindern sucht Jack einen der Raketentechniker, welcher sich in der chineschischen Botschaft versteckt. Während des Einbruchs wird der Botschafter von den eigenen Leuten erschossen und die Schuld den Amerikanern gegeben. Die Chinesen sind sich sicher, dass Jack dahinter steckt.

Jack findet jedoch währendessen heraus, dass sich die Rakete nach Los Angeles bewegt und sie kann somit abgeschossen werden. Somit ist die Stadt jedoch nicht Jack Bauer gerettet, denn der neue Präsident willigt ein ihn an die Chinesen auszuliefern. Deshlab will ihn der Präsident inoffiziell vorher töten lassen, damit er nicht sausplaudert. Jack täuscht seinen Tod vor und flieht nach Mexico.